1952年來自市區8家私人診所的11名年輕個體牙醫，響應黨走合作化道路的號召，自愿組織起來，集資買下原煙臺市北大街264號“裕昌銀號”的半個院落，掛起“煙臺市牙科聯合診所”的牌子，即為煙臺市口腔醫院的前身。
1956年，煙臺市區內另外17處個體牙科診所的27個人在朝陽街77號組建了“煙臺市第二牙科聯合診所”。
1958年，第一、第二牙科聯合診所合并，組成“煙臺市牙科聯合診所”。

1966年，醫院改稱“煙臺市牙科診所”，1968年，成立“煙臺市牙科診所革命委員會”。
六十年代中期，為解決齒科材料供應不足的問題，醫院自辦小工廠，生產牙托水，牙托粉，造牙粉，不僅保證了自用，而且支援了省內外幾十個口腔醫療單位。隨著醫院的義齒制作技術逐步成熟，吸引了眾多外地醫院來院學習。

1972年醫院更名為“煙臺市口腔病防治院”，并成立醫療預防組進行口腔病調查研究，宣傳牙病防治和口腔衛生知識。醫院成立外輪人員診室，專門接待外籍人員或高級干部。
1978年醫院引進正畸技術，并承辦召開山東省口腔矯形專業會，同年9月，醫院派員為來煙臺視察的全國人大副委員長葉劍英出診。

隨著煙臺地區改為煙臺市，醫院改為煙臺市屬單位，開啟了醫院的改革發展之路。1986年，《大眾日報》以《提高社會效益，方便群眾就醫》為題，報道了醫院改革成果。
1988年醫院外科率先開展整形手術，1989年醫院原地翻建擴建的議案被市政府確定為當年市區7項重點工程之一，同年開發區門診部成立。
1990年醫院更名為“煙臺市口腔醫院”。

作為市政府重點工程的5000平方米大樓啟用，醫院成為省內規模最大的地市級口腔?？漆t院，并逐步引進烤瓷義齒修復、固定正畸、人工種植牙技術，與山東醫科大學組建頜面外科聯合體，開展頜面外科病房手術，并成功實施口腔內切口，下頜骨升支矢狀面劈開手術，填補了膠東地區空白?！　　?
2000年成為山東醫科大學口腔醫學教學實習醫院。
2001年醫院被市勞動和社會保障局定為“城鎮職工基本醫療保險定點醫療機構”，被核定為“政府辦非營利性醫療機構”。

醫院加強高校聯合，成為大連醫科大學口腔醫學院教學醫院、山東省第三批住院醫師規范化培訓基地、“山東大學、煙臺市口腔醫院學習社會實踐基地”、山東省地市級城市中的首家“口腔專業護理臨床實踐培訓基地”、濱州醫學院附屬醫院。
在膠東地區率先成立牙種植中心、山東省首個顳下頜關節病門診、“口腔健康服務中心”、特需門診，開設開發區分院。
醫院的對外開放逐步拓展，吸引國內外眾多知名專家、學者來院參觀交流。并于2011年承辦“第七屆全國口腔種植學術會議”。
2007年，第一屆“煙臺市首屆健齒小明星晉級賽”活動啟動。2008年醫院被授予煙臺市首家“慈善義工定點關愛醫院”并被煙臺市慈善總會評為“先進義工工作站”。

醫院引進山東省第一位口腔醫學界的“泰山學者”—奧地利維也納醫科大學牙學院范曉慧教授，并連續7年開展“泰山學者口腔醫學國際論壇”。
醫院獲批山東省省級臨床重點?？疲谇豢疲?。牙周科、口腔頜面外科、牙體牙髓科、口腔修復科、口腔正畸科、兒童口腔科、口腔種植科獲批煙臺市醫療衛生重點學科。
幸福、福山、煙大、臥龍、龍湖等分院正式開診。
2016年正式獲批“三級甲等口腔?？漆t院”，并與北京大學口腔醫學院簽署戰略合作協議，進一步推動醫院管理的規范化和科學化。2020年獲批“國家住院醫師規范化培訓基地”。
2018年9月，與中國牙病防治基金會合作，將“全球零蛀牙聯盟中國行動”引入長島，利用5年時間對全島居民進行全生命周期口腔健康教育和健康干預。
持續開展齲病防治項目、“孝口?！标P愛無牙老人慈善救助項目、“來自星星的微笑”關愛孤獨癥兒童、關愛老兵慈善項目等公益項目。